A análise de dados de expressão gênica é bastante útil para diversas aplicações na biologia. Por exemplo, esse tipo de análise pode fornecer informações importantes sobre as funções de uma célula, os mecanismos de regulação dos genes e as diferenças moleculares entre vários tipos de células ou tecido. A expressão de um gene consiste da conversão das instruções genéticas presentes no gene em uma proteína, responsável por uma função específica dentro de uma célula. A mensuração da expressão gênica a partir dos transcritos (mRNAs) de um organismo pode ser feita por meio de diversas técnicas que geram dados em larga escala., tais como SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) e microarray.A partir desses dados de expressão dos genes, faz-se necessária uma análise criteriosa para a extração de informações úteis. Essa análise pode ser realizada em diferentes níveis e de diferentes formas, variando de análises de baixo nível,como filtragens e normalizações, até análises estatísticas para identificação de expressão diferente em diversas condições, identificação de padrões e mineração de dados.